物种内（一个物种）与物种间（两个物种）共线性分析

使用的相同的原理

1 准备好注释文件 gff 和“基因组”文件 fasta

2 使用一键 MCScanX，得到一大堆文件

（时间慢，有快捷方法）

3从结果中找出几个文件

.collinearity

.gff(是比对得到的文件，不是最开始你准备的gff)

.ctl (仅在物种间比对时产生，物种内不会产生)

4 物种间分析，直接导入上述文件即可

5 物种内分析

准备文件：

①打开 fasta stats，统计各染色体长度，用excel提取,另存为Chrlen.txt

②删去用不到的contig

③打开file merger for MCScanX，输入第三步得到的.collinearity，改变mode为collinear，键入输出文件名为GenePair.tab.txt

④打开File Transformat for MicroSynteny Viewer，输入GenePair.tab.txt和第三步得到的.gff，键入输出名为Link_Region.tab.txt

补充基因家族成员：

⑤打开text block extractor，输入GenePair.tab.txt，键入输出名为GenePair.family.tab.txt,输入你的基因家族成员的ID号

⑥回到File Transformat for MicroSynteny Viewer，输入GenePair.family.tab.txt，gff文件（第三步结果中的），键入输出名为Link_Region_family.tab.txt，用excel打开，在最后输入颜色的RGB值R如红色255,0,0

⑦将改好的excel全选，插入到Link_Region.tab.txt的最前边，另存为Link_Region_family.tab.red.txt

补充标签：

⑧打开table row manipulator，导入第三步得到的gff，选中基因ID所在列，导入ID号，键入输出名为family_genpos.tab.txt

⑨打开adavanced circos,键入文件

Chrlen.txt,

family_genpos.tab.txt,

Link_Region_family.tab.red.txt

修改与导出图片：

⑩修改各部分大小，字体，颜色，间距，并导出图像为pdf，svg（可在AI内修改）