启动子顺式作用元件分析

1 准备GFF,基因组Fasta文件,基因家族geneID号

2 提取启动子区域

PS:CDS,PARENT,2000,勾选retain，键入输出目录fasta

3 提取目标基因家族成员的启动子

4 检测启动子是否提取正确

5 转换所有启动子序列为大写

6 上传plantcare

7 简化tab表格数据

8 筛选目标顺式作用元件并修改

9 设置启动子显示的起始和终止位置

PS：起始位置为：第一列数字-20，终止位置为：第一列数字+第二列数字+20

10 制作序列长度文件txt

11 导入数据并绘图

12 修改图片

13 导出图片