启动子顺式作用元件分析
1 准备GFF,基因组Fasta文件,基因家族geneID号
2 提取启动子区域
PS:CDS,PARENT,2000,勾选retain,键入输出目录fasta
3 提取目标基因家族成员的启动子
4 检测启动子是否提取正确
5 转换所有启动子序列为大写
6 上传plantcare
7 简化tab表格数据
8 筛选目标顺式作用元件并修改
9 设置启动子显示的起始和终止位置
PS:起始位置为:第一列数字-20,终止位置为:第一列数字+第二列数字+20
10 制作序列长度文件txt
11 导入数据并绘图
12 修改图片
13 导出图片